मोतीलाल नेहरू का जन्म 6 मई 1861 को गंगाधर नेहरू और उनकी पत्नी इंद्राणी के घर में हुआ था। नेहरू परिवार दिल्ली में कई पीढ़ियों से बसा हुआ था, और गंगाधर नेहरू उस शहर में एक कोतवाल थे। 1857 के भारत के स्वतंत्रता संग्राम के दौरान, गंगाधर अपने परिवार के साथ दिल्ली छोड़कर आगरा चले गए, जहाँ उनके कुछ रिश्तेदार रहते थे। कुछ खातों के द्वारा, दिल्ली में नेहरू परिवार के घर को लूटपाट और उत्पात के दौरान जला दिया गया था। आगरा में, गंगाधर ने जल्दी से अपनी दो बेटियों, पटरानी और महारानी के विवाह को उपयुक्त कश्मीरी ब्राह्मण परिवारों में व्यवस्थित कर दिया। फरवरी 1861 में उनकी मृत्यु हो गई और उनके सबसे छोटे बच्चे मोतीलाल का जन्म तीन महीने बाद हुआ।
इस समय मोतीलाल के दो बड़े भाई, बंसीधर नेहरू और नंदलाल नेहरू क्रमशः उन्नीस और सोलह साल के थे। चूंकि परिवार ने 1857 के उथल-पुथल में अपनी लगभग सभी संपत्ति खो दी थी, इसलिए जियारानी अपने भाई, पुरानी दिल्ली में बाजार सीताराम के अमरनाथ जुत्शी के समर्थन में बदल गई, जब तक कि उनके बेटे कमाई शुरू नहीं कर सकते। उसे उससे कुछ सहायता मिली थी, लेकिन हाल ही में हुए विद्रोह के दौरान दिल्ली के सभी लोगों को बेहद पीड़ा हुई थी और सहायता खुले में नहीं की जा सकती थी। कुछ वर्षों के भीतर, नंदलाल ने खेतड़ी के एक राजा के दरबार में एक क्लर्क की नौकरी कर ली और अपनी माँ और भाई का समर्थन करने लगे।
इस प्रकार मोतीलाल अपना बचपन खेतड़ी, दूसरी सबसे बड़ी थिकाना (सामंती संपत्ति) जयपुर रियासत के भीतर बिताने आए, जो अब राजस्थान में है। उनके बड़े भाई नंदलाल ने खेतड़ी के राजा फतेह सिंह का पक्ष लिया, जो उनके समान ही आयु के थे, और दीवान (मुख्यमंत्री; प्रभावी रूप से प्रबंधक) की पदवी के लिए बढ़ गए। 1870 में, फतेह सिंह निःसंतान मर गए और एक दूर के चचेरे भाई द्वारा सफल हुए, जिनका उनके पूर्ववर्ती विश्वासपात्रों के लिए बहुत कम उपयोग था। नंदलाल ने खेतड़ी को आगरा के लिए छोड़ दिया और पाया कि खेतड़ी में उनके पूर्व करियर ने उन्हें मुकदमों के बारे में सलाह देने के लिए सुसज्जित किया। एक बार जब उन्हें यह एहसास हुआ, तो उन्होंने अपने उद्योग और लचीलापन को फिर से अध्ययन करने और आवश्यक परीक्षाओं को पास करने के लिए प्रदर्शित किया ताकि वे ब्रिटिश औपनिवेशिक अदालतों में कानून का अभ्यास कर सकें। फिर उन्होंने आगरा में प्रांतीय उच्च न्यायालय में कानून का अभ्यास शुरू किया। इसके बाद, उच्च न्यायालय ने इलाहाबाद को आधार स्थानांतरित कर दिया, और परिवार (मोतीलाल सहित) उस शहर में चले गए।
इस प्रकार इलाहाबाद के साथ परिवार का जुड़ाव शुरू हुआ, जिसे कई लोग गलती से मानते हैं कि वह शहर है जहां से नेहरू परिवार रहता है। नंदलाल की व्यावसायिक सफलता और उदारता की बदौलत, पितरहीन मोतीलाल ने आगरा और इलाहाबाद दोनों में एक उत्कृष्ट और आधुनिक शिक्षा प्राप्त की। वास्तव में, दूरदर्शी नंदलाल ने यह सुनिश्चित किया कि उसका भाई (और उसके अपने बेटे) पश्चिमी शैली की कॉलेज की शिक्षा प्राप्त करने वाले शुरुआती भारतीयों में से हो गए। मोतीलाल ने कानपुर से मैट्रिक की परीक्षा उत्तीर्ण की, और इलाहाबाद के मुइर सेंट्रल कॉलेज में दाखिला लिया। वहीं 6 फरवरी 1931 को उनकी मृत्यु हो गई।
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